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生物化學:第二章 核酸

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1、第二章 核酸 (一)概述 1.核酸定義: 以核苷酸為基本結(jié)構(gòu)單位,按照一定的順序排列, 以3’,5-磷酸二酯鍵相連,折疊、彎曲形成的具有一定生物學功能的長鏈,具有貯存、傳遞遺傳信息作用的遺傳大分子。其中P的含量在核酸中相對恒定。在DNA中為9.9%,在RNA中為9.4% 。這可用于測定核酸的含量——定磷法。 2. N-C糖苷鍵:戊糖第1位碳原子上的羥基與嘌呤的第9位氮原子或與嘧啶的第1位氮原子形成的β型N-C糖苷鍵。 (二)核酸的分子結(jié)構(gòu) ⅠDNA的分子結(jié)構(gòu) 1.DNA的一級結(jié)構(gòu):DNA分子中四種脫氧核苷酸之間通過3’,5’-磷酸二酯鍵連接起來的多核苷酸鏈的排列順序。B-DNA:右

2、手螺旋,螺距3.4nm,每轉(zhuǎn)堿基對數(shù)目(bp數(shù))10 2.DNA一級結(jié)構(gòu)特點:DNA分子中,脫氧核苷酸之間只能以3’,5’-磷酸二酯鍵相連 ; DNA分子沒有側(cè)鏈,只能線狀或環(huán)狀; 具有方向性,兩個末端分別為5端和3端; 生物遺傳信息貯存在DNA的核苷酸序列中,真正代表DNA生物學意義的是作為可變成分的堿基排列順序。 3. DNA的二級結(jié)構(gòu)是指DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)。雙螺旋結(jié)構(gòu)是指DNA的兩條鏈圍著同一中心軸旋繞而成的一種空間結(jié)構(gòu)。 4.Chargaff定則:(DNA的堿基組成分析即堿基成對)所有DNA分子中A=T,G=C;同一物種的所有體細胞DNA的堿基組成相同,此堿基組成可作為該物種

3、的特征;;親緣越近的生物,其DNA的堿基組成越近,即不對稱比率(A+T/G+C)越相近。 5.雙螺旋結(jié)構(gòu)模型的基本特征: a.反向平行互補配對的兩條鏈沿中心軸盤繞成右手螺旋 ; b.磷酸與脫氧核糖相互間隔連接構(gòu)成的主鏈處于螺旋外側(cè),糖環(huán)平面與縱軸平行,堿基則伸向螺旋內(nèi)部,堿基配對形成堿基平面,堿基平面與縱軸垂直; c.雙螺旋內(nèi)部的堿基按規(guī)則配對:A與T配對,形成2個氫鍵;G與C配對,形成3個氫鍵,稱為堿基互補配對; d.雙螺旋的兩條鏈也呈互補關(guān)系; e.雙螺旋表面形成兩種凹槽:較淺的叫小溝,另一條叫大溝;雙螺旋直徑為2nm,每對脫氧核苷酸殘基沿縱軸旋轉(zhuǎn)36,上升0.34nm。所以

4、每10個堿基對形成一個螺旋,螺距3.4nm。 6.影響雙螺旋結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性的因素: a.堿基堆積力(范德華力),是維持DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的主要因素; b.氫鍵,G+C含量越高,DNA越穩(wěn)定; c.離子鍵,組蛋白和正離子與磷酸負電荷形成離子鍵,有助于DNA分子穩(wěn)定。 7.DNA的三級結(jié)構(gòu):DNA雙螺旋進一步折疊、卷曲形成的構(gòu)象。超螺旋分為正超螺旋和負超螺旋。 8.負超螺旋:當螺旋旋轉(zhuǎn)360?時,其相應堿基對數(shù)小于10,二級結(jié)構(gòu)處于松纏狀態(tài)。 天然DNA均為負超螺旋。 Ⅱ RNA的分子結(jié)構(gòu) 1.RNA的結(jié)構(gòu)特點 :RNA一級結(jié)構(gòu)的連接方式:3,5-磷酸二酯鍵連接各核苷酸;RNA二級結(jié)構(gòu)的

5、共性:有局部的雙螺旋結(jié)構(gòu),即莖環(huán)結(jié)構(gòu) 2.mRNA分子:mRNA是蛋白質(zhì)生物合成的模板;含量少,種類多。 3.mRNA 5端無帽子結(jié)構(gòu)功能:一是可以與蛋白質(zhì)結(jié)合,對翻譯起識別作用;二是穩(wěn)定mRNA的作用。 4.原核生物和真核生物的mRNA在結(jié)構(gòu)上有所不同:1)原核生物的mRNA是多順反子的,真核生物的mRNA是單順反子的;2)原核mRNA 5 端無帽子結(jié)構(gòu),真核mRNA 5 端有一段帽子結(jié)構(gòu)(m7GpppNmpNmp-);3)原核mRNA 3 ’端無PolyA,真核mRNA 3 ’端有PolyA。 5.tRNA分子功能:(轉(zhuǎn)運RNA),負責運送氨基酸 6.tRNA一級結(jié)構(gòu)的

6、共同特點:分子量小,只有70-90個核苷酸組成的單鏈。 7.tRNA的二級結(jié)構(gòu):為“三葉草形”。 ①在3’端以CCA為主的單鏈區(qū)。 ②大約有50%的核苷酸配對,形成四臂:氨基酸接受臂;二氫尿嘧啶臂(D臂);反密碼臂;TyC臂。 ③大約有50%的核苷酸不配對,形成四環(huán):二氫尿嘧啶環(huán)(D環(huán));反密碼環(huán):額外環(huán)(可變環(huán));TyC環(huán)。 ④不同的tRNA分子在長度上發(fā)生變化的三個區(qū)域:D臂、D環(huán)、額外環(huán)的核苷酸數(shù)目不同。 8..tRNA的三級結(jié)構(gòu):倒L型,這是tRNA具生物學功能的結(jié)構(gòu) ,穩(wěn)定其倒L型的主要因素:(即三級結(jié)構(gòu)作用力):堿基堆積力,氫鍵 。 9.rRNA分子:單鏈, 存在于

7、核糖體中,種類少、含量高(最高);二級結(jié)構(gòu)由單鏈回折形成的局部螺旋區(qū)和突環(huán)組成。功能:與蛋白質(zhì)組成核糖體,成為蛋白質(zhì)合成的場所。 10.核糖體:即核蛋白體,由rRNA和蛋白質(zhì)組成。 (三) 核酸的理化性質(zhì) 1.核酸的一般性質(zhì): DNA為白色纖維狀固體; RNA為白色粉末狀固體;粘度 DNA>RNA 溶解性 :微溶于水,不溶于有機溶劑,如乙醇、乙醚和氯仿,易溶于低鹽緩沖液,如EDTA 2等電點 (pI):兩性電解質(zhì)在一定的pH環(huán)境中,正負離子解離度相等,凈電荷為零,在電場中不移動,此時溶液的pH值是這個兩性電解質(zhì)的pI. 3.核酸的光學性質(zhì):嘌呤和嘧啶具有共軛雙鍵,能強烈吸

8、收紫外光。在260nm處有最大吸收峰。對于純的DNA或RNA,可以通過測得A260來測定核酸的含量。A260的大?。?游離核苷酸 > RNA > DNA 4.核酸的變性:核酸在某些物理或化學因素的作用下,其空間結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,雙螺旋解開,從而引起理化性質(zhì)的改變及生物學活性的降低或喪失,并不涉及3’,5’-磷酸二酯鍵的斷裂。引起變性的因素有:加熱、酸堿、尿素、甲醛等。 5.核酸的復性:變性的DNA在適當?shù)臈l件下,彼此分開的單鏈重新締合成雙螺旋結(jié)構(gòu),其理化性質(zhì)和生物學活性恢復的過程。 6.退火:熱變性的DNA降溫復性的過程。復性是變性的逆轉(zhuǎn)。但需要一定的條件,要在一定的鹽濃度下緩慢降溫。

9、7. 增色效應:核酸變性后,雙螺旋結(jié)構(gòu)解開,堿基暴露,在260nm處的吸收值上升,這叫增色效應(hyperchromic effect)。增色效應常可用來衡量DNA變性的程度。減色效應:當變性的DNA經(jīng)復性以重新形成雙螺旋結(jié)構(gòu)時,其溶液在260nm處的光密度減小。 8.熔解溫度:熱變性中光吸收的增加達到最大吸收(完全變性)量增加值一半(雙螺旋結(jié)構(gòu)失去一半)時的溫度稱為DNA的熔點或熔解溫度(Tm)。 9.分子雜交 :DNA鏈在復性時,其中的一條單鏈可以和異體DNA單鏈,按照堿基互補配對原則合成一段DNA-DNA或DNA-RNA雙鏈的過程。 10.PCR過程:高溫變性、低溫退火、適溫延伸三個過程反復進行。 11.基因:DNA分子上具有遺傳效應的特定核苷酸序列?;蚪M:生物體的全部基因或染色體。

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