年《基因工程技術(shù)》課程復(fù)習(xí)題解答版
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1、2016年《基因工程技術(shù)》課程復(fù)習(xí)題 1. 名詞解釋(占25%, 10個(gè)名稱解釋,從12個(gè)名詞中選10個(gè)) 基因工程:按照人們的愿望,依據(jù)嚴(yán)密的設(shè)計(jì),通過(guò)體外DNA重組、轉(zhuǎn)基因、基因編輯(CRISPR/Cas9)等技術(shù),有目的地改造生物物種特性,創(chuàng)造出更符合人類需求的新的生物類型的研究領(lǐng)域。 DNA復(fù)性與變性:變性是指核酸雙螺旋堿基對(duì)的氫鍵斷裂,雙鏈變成單鏈,從而使核酸的天然構(gòu)象和性質(zhì)發(fā)生改變。變性時(shí)維持雙螺旋穩(wěn)定性的氫鍵斷裂,堿基間的堆積力遭到破壞,但不涉及到其一級(jí)結(jié)構(gòu)的改變。 復(fù)性指變性DNA 在適當(dāng)條件下,二條互補(bǔ)鏈全部或部分恢復(fù)到天然雙螺旋結(jié)構(gòu)的現(xiàn)象,它是變性的一種逆轉(zhuǎn)過(guò)程。
2、 PCR:在模板、引物、4種dNTP和耐熱DNA聚合酶存在的條件下,通過(guò)酶促合成反應(yīng)特異擴(kuò)增位于兩端已知序列之間的DNA區(qū)段。 Tm值:DNA熔解溫度,指把DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)熱變性過(guò)程中紫外吸收值達(dá)到最大值的1/2時(shí)的溫度。不同序列的DNA,Tm值不同。DNA中G-C含量越高,Tm值越高,成正比關(guān)系。 限制性內(nèi)切核酸酶:指能夠識(shí)別雙鏈DNA分子中特定核苷酸序列,并在每條鏈中特定部位的兩個(gè)核苷酸之間的磷酸二酯鍵進(jìn)行切割的一類酶,簡(jiǎn)稱限制酶。 粘性末端:被限制酶切開(kāi)的DNA兩條單鏈的切口,帶有幾個(gè)伸出的核苷酸,它們之間正好互補(bǔ)配對(duì),這樣的切口叫黏性末端。 同裂酶:指一些來(lái)源不同的能識(shí)別同樣
3、的核苷酸靶子序列的限制性內(nèi)切酶。同裂酶的切割位點(diǎn)可能不同,識(shí)別序列和切割位點(diǎn)都相同的叫同序同切酶,識(shí)別序列相同但切割位點(diǎn)不同的叫同序異切酶。 同尾酶:指來(lái)源不同且識(shí)別靶子序列也不同但能產(chǎn)生出相同的黏性末端的限制性內(nèi)切酶。 末端酶或Ter體系:在病毒DNA包裝過(guò)程中,催化特異性地切割病毒DNA連環(huán)體,產(chǎn)生單位長(zhǎng)度的基因組,并參與基因組包裝的酶類。 DNA連接酶:也稱DNA黏合酶,催化相鄰核苷酸的游離5’-磷酸基團(tuán)和3’-羥基之間形成磷酸二酯鍵的核酸酶。連接酶的催化作用需要消耗ATP。 DNA修飾酶:泛指能夠參與改變DNA組成和結(jié)構(gòu)的一類酶。 DNA聚合酶:是指催化以DNA單鏈為模板,
4、以4種脫氧核糖核苷酸為底物,合成一條與模板鏈序列互補(bǔ)的DNA新鏈的酶。以DNA為復(fù)制模板,從將DNA由5'端點(diǎn)開(kāi)始復(fù)制到3'端的酶,是細(xì)胞復(fù)制DNA的重要作用酶。 載體:是一種具有特定功能能自我復(fù)制的DNA分子,能將外源DNA片段攜帶進(jìn)入受體細(xì)胞,并在受體細(xì)胞中穩(wěn)定維持和表達(dá)。 質(zhì)粒載體:一種裸露的、比病毒更簡(jiǎn)單的,有自主復(fù)制能力的雙鏈超螺旋共價(jià)閉環(huán)DNA分子(簡(jiǎn)稱cccDNA)。 在由限制性核酸內(nèi)切酶修飾過(guò)的質(zhì)粒DNA序列中插入外源的目的基因,以質(zhì)粒為載體,將目的基因通過(guò)轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)導(dǎo)的方法導(dǎo)進(jìn)宿主細(xì)胞,進(jìn)行重組、篩選、擴(kuò)增的過(guò)程。 柯斯質(zhì)粒載體:是一類人工構(gòu)建的含有λDNA的cos序列和
5、質(zhì)粒復(fù)制子的特殊類型的質(zhì)粒載體。由三個(gè)部分組成:含有一個(gè)pBR322的完整復(fù)制子,兩個(gè)抗性基因AmpR和TetR及一個(gè)帶有λ噬菌體cos序列。 噬菌體載體:噬菌體是一類感染細(xì)菌病毒的總稱 ,在噬菌體DNA分子中,除具有復(fù)制起點(diǎn)外,還有編碼外殼蛋白質(zhì)的基因。噬菌體主主要有雙鏈?zhǔn)删w和單鏈絲狀噬菌體兩大類。雙鏈?zhǔn)删w為λ類噬菌體,單鏈絲狀噬菌體有M13、f1、fd噬菌體。 重組DNA技術(shù)中常用的噬菌體克隆載體主要有λ類噬菌體和M13噬菌體。 溫和噬菌體:具有溶原周期的噬菌體。在短時(shí)間內(nèi)不能連續(xù)完成吸附、侵入、增值、成熟和裂解這五個(gè)階段而實(shí)現(xiàn)繁殖的噬菌體為溫和噬菌體。 烈性噬菌體:只有溶菌周期
6、的噬菌體。烈性噬菌體也稱為毒性噬菌體,噬菌體的繁殖一般分為5個(gè)階段,即吸附、侵入、增殖、成和裂解。凡在短時(shí)間內(nèi)能連續(xù)完成以上5個(gè)階段而實(shí)現(xiàn)其增殖的噬菌體,稱為烈性噬菌體。 溶原周期:指在感染過(guò)程中沒(méi)有產(chǎn)生出子代噬菌體顆粒,但是噬菌體DNA整合到寄主細(xì)胞的染色體DNA上,成為染色體DNA的一個(gè)組成部分。 溶菌周期:噬菌體吸附到寄主細(xì)胞表面之后,注入DNA,噬菌體的DNA進(jìn)行復(fù)制及蛋白質(zhì)的合成,并組裝成噬菌體顆粒,最后使寄主細(xì)胞裂解,釋放出子代噬菌體顆粒的過(guò)程。 體外包裝:在離體條件下,用噬菌體或病毒的蛋白質(zhì)包裹噬菌體或病毒的裸核酸,組裝成有感染性的噬菌體或病毒顆粒的過(guò)程。 Ti質(zhì)粒:在根
7、瘤土壤桿菌細(xì)胞中存在的一種染色體外自主復(fù)制的環(huán)形雙鏈DNA分子。它控制根瘤的形成,可作為基因工程的載體。是致癌農(nóng)桿菌的一種內(nèi)源質(zhì)粒,當(dāng)農(nóng)桿菌接觸感染植物時(shí),能引發(fā)植物產(chǎn)生腫瘤即冠癭瘤。根據(jù)合成不同的冠癭堿類型, Ti質(zhì)粒可以分為章魚(yú)堿型、胭脂堿型、農(nóng)桿堿型和琥珀堿型等。是一種雙鏈環(huán)狀DNA分子,200-250kb,可分為4個(gè)功能區(qū):T-DNA區(qū)、Vir毒性區(qū)(調(diào)控T-DNA 轉(zhuǎn)移區(qū))、Con區(qū)(接合轉(zhuǎn)移編碼區(qū))和Ori區(qū)。 SV40:是猴空泡病毒40,猿猴病毒40或猴病毒40的縮寫(xiě),多瘤病毒科,這是在人類和猴子都發(fā)現(xiàn)的致瘤病毒。SV40的基因組是一種環(huán)形雙鏈的DNA,很適于基因操作。SV40
8、病毒有三種外殼蛋白質(zhì)VP1、VP2和VP3,包裝著一條5.2kb的環(huán)狀基因組DNA。根據(jù)其基因組的表達(dá)時(shí)間不同,把基因組分為早期表達(dá)區(qū)和晚期表達(dá)區(qū)。早期表達(dá)區(qū)編碼T-抗原和t-抗原,當(dāng)T-抗原達(dá)到一定濃度時(shí),開(kāi)始啟動(dòng)病毒DNA復(fù)制;晚期表達(dá)區(qū)編碼三種外殼蛋白質(zhì),外殼蛋白質(zhì)在復(fù)制后一段時(shí)間內(nèi)表達(dá)。 穿梭載體:含有病毒完整早期區(qū)段和復(fù)制起點(diǎn)同大腸桿菌的質(zhì)粒分子重組而構(gòu)建的,既能在哺乳動(dòng)物細(xì)胞復(fù)制增殖,也可以在大腸桿菌中復(fù)制增殖。指含有兩個(gè)親緣關(guān)系不同的復(fù)制子,能在兩種不同的生物中復(fù)制的。這類載體不僅具有細(xì)菌質(zhì)粒的復(fù)制原點(diǎn)及選擇標(biāo)記基因,還有真核生物的自主復(fù)制序列以及選擇標(biāo)記性狀,具有多克隆位點(diǎn)。
9、 cDNA文庫(kù):以mRNA為模板,經(jīng)反轉(zhuǎn)錄酶催化,在體外反轉(zhuǎn)錄成cDNA,與適當(dāng)?shù)妮d體連接后轉(zhuǎn)化受體菌,則每個(gè)細(xì)菌含有一段cDNA,并能繁殖擴(kuò)增,這樣包含著細(xì)胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合稱為該組織細(xì)胞的cDNA文庫(kù)。 基因組文庫(kù):把某種生物基因組的全部遺傳信息通過(guò)克隆載體貯存在一個(gè)受體菌克隆子群體中,這個(gè)群體即為這種生物的基因組文庫(kù)。 感受態(tài)細(xì)胞:理化方法誘導(dǎo)細(xì)胞,使其處于最適攝取和容納外來(lái)DNA的生理狀態(tài)。 Southern印跡雜交:利用瓊脂糖凝膠電泳分離經(jīng)限制性內(nèi)切酶消化的DNA片段,將膠上的DNA變性并在原位將單鏈DNA片段轉(zhuǎn)移至尼龍膜或其他固相支持物上,經(jīng)干烤或者紫外線
10、照射固定,再與相對(duì)應(yīng)結(jié)構(gòu)的標(biāo)記探針進(jìn)行雜交,用放射自顯影或酶反應(yīng)顯色,從而檢測(cè)特定DNA分子的含量的技術(shù)。 轉(zhuǎn)染作用:將純化的含有靶基因的質(zhì)粒DNA送入細(xì)胞內(nèi),并在細(xì)胞內(nèi)表達(dá)。 轉(zhuǎn)化作用:將攜帶某種遺傳信息的DNA分子引入宿主細(xì)胞,通過(guò)DNA之間同源重組的作用,獲得具有新遺傳性狀生物細(xì)胞的過(guò)程謂之轉(zhuǎn)化作用。 轉(zhuǎn)導(dǎo)作用:當(dāng)病毒從被感染的細(xì)胞釋放出來(lái),再次感染另一細(xì)胞時(shí),發(fā)生在供體細(xì)胞與受體細(xì)胞之間的DNA轉(zhuǎn)移及基因重組即為轉(zhuǎn)導(dǎo)作用。 操縱子:指包含結(jié)構(gòu)基因、操縱基因以及啟動(dòng)基因的一些相鄰基因組成的DNA片段,其中結(jié)構(gòu)基因的表達(dá)受到操縱基因的調(diào)控。主要見(jiàn)于原核生物,但在真核生物中也存在。
11、 啟動(dòng)子:位于結(jié)構(gòu)基因5'端上游的DNA序列※,是指位于轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)上游的特異序列(通常位于基因轉(zhuǎn)錄起點(diǎn)上游的100bp范圍內(nèi),長(zhǎng)約20-200bp),是轉(zhuǎn)錄起始時(shí)RNA聚合酶識(shí)別和結(jié)合的部位,與轉(zhuǎn)錄的啟動(dòng)有關(guān),但本身并不轉(zhuǎn)錄。啟動(dòng)子的結(jié)構(gòu)可以影響它與聚合酶的親和力,從而影響表達(dá)水平。 多順?lè)醋樱憾囗樂(lè)醋右?jiàn)于原核生物意指一個(gè)mRNA分子編碼多個(gè)多肽鏈。這些多肽鏈對(duì)應(yīng)的DNA片段則位于同一轉(zhuǎn)錄單位內(nèi),享用同一對(duì)起點(diǎn)和終點(diǎn)。 增強(qiáng)子:是一段能增強(qiáng)啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄效率的特定序列,從而明顯地提高基因轉(zhuǎn)錄的效率。特點(diǎn):①遠(yuǎn)距離調(diào)控②無(wú)方向性 信號(hào)肽:在起始密碼子后,有一段編碼疏水性氨基酸序列的RNA區(qū)域,
12、該氨基酸序列就被稱為信號(hào)肽序列,它負(fù)責(zé)把蛋白質(zhì)引導(dǎo)到細(xì)胞含不同膜結(jié)構(gòu)的亞細(xì)胞器內(nèi)。 密碼子偏好:是指各種生物體偏愛(ài)使用三聯(lián)密碼子(即編碼相同氨基酸的密碼子)的現(xiàn)象。 基因表達(dá):細(xì)胞在生命過(guò)程中,把儲(chǔ)存在DNA順序中遺傳信息經(jīng)過(guò)轉(zhuǎn)錄和翻譯,轉(zhuǎn)變成具有生物活性的蛋白質(zhì)分子。此處指外源基因在受體細(xì)胞中從mRNA轉(zhuǎn)錄到功能蛋白質(zhì)翻譯的過(guò)程。 Pribnow框:原核生物中,在啟動(dòng)子上游有一個(gè)由5-6個(gè)核苷酸組成的共有序列,以其發(fā)現(xiàn)者的名字命名為Pribnow框。 SD序列:原核生物mRNA起始密碼AUG(相應(yīng)DNA上的起始密碼ATG上游約-10處)的上游約4-7個(gè)核苷酸之前有一富含嘌呤的5 ′
13、 - AGGAGGU-3 ′的短小序列,稱為SD序列(Shine Dalgarno sequence),能與細(xì)菌16SrRNA3’端識(shí)別,幫助從起始AUG處開(kāi)始翻譯。 2. 判斷題(占5%,5個(gè)判斷題) 3. 選擇題(占10%,5個(gè)選擇題) 4. 問(wèn)答題(占60%,6個(gè)選擇,從8個(gè)選擇中選6個(gè)) 簡(jiǎn)述基因工程的基本技術(shù)路線? 分離目的基因:從生物有機(jī)體的基因組中分離出帶有目的基因的DNA片段; 體外目的基因和載體重組:在體外,將帶有目的基因的DNA片段連接到能自我復(fù)制并具有選擇標(biāo)記的載體分子上,形成重組DNA分子; 轉(zhuǎn)化受體細(xì)胞:將重組DNA分子轉(zhuǎn)化到寄主細(xì)胞中; 擴(kuò)大培養(yǎng)(按
14、需):重組體在細(xì)胞中擴(kuò)增繁殖,獲得大量的細(xì)胞繁殖菌落; 檢測(cè)篩選轉(zhuǎn)化細(xì)胞:從菌落中,篩選出重組DNA分子克隆菌落; 研究與鑒定:將選出的克隆菌落進(jìn)一步研究分析,使目的基因的功能在細(xì)胞水平上表達(dá)。 生產(chǎn)應(yīng)用 簡(jiǎn)述基因工程有哪些主要研究?jī)?nèi)容與應(yīng)用領(lǐng)域? 研究?jī)?nèi)容: 基礎(chǔ)研究:克隆載體系統(tǒng)研究 、工具酶系統(tǒng)研究 、受體系統(tǒng)(即表達(dá)系統(tǒng))研究、目的基因功能及其調(diào)控機(jī)制研究、基因重組及修飾技術(shù)研究、基因組學(xué)研究等 應(yīng)用研究:基因工程藥物研究(醫(yī)學(xué)領(lǐng)域)、轉(zhuǎn)基因植物研究(種植業(yè)領(lǐng)域)、轉(zhuǎn)基因動(dòng)物研究(畜牧業(yè)領(lǐng)域)、其他方面研究(食品、化工、能源、環(huán)境等) 應(yīng)用領(lǐng)域: 醫(yī)學(xué)領(lǐng)域:基因工程
15、藥物、基因治療、基因芯片 農(nóng)業(yè)領(lǐng)域:轉(zhuǎn)基因植物、轉(zhuǎn)基因動(dòng)物 能源環(huán)境領(lǐng)域:轉(zhuǎn)基因能源植物(玉米、木薯、紅薯等)、轉(zhuǎn)基因超級(jí)細(xì)菌和制劑(糞便污染、油污、重金屬、塑料) 軍事領(lǐng)域:基因武器 簡(jiǎn)述提取天然DNA的基本步驟及其主要方法? 生物材料的準(zhǔn)備: 動(dòng)物和人DNA樣品的采集與保存:主要是血樣和組織樣,冷凍保存、甲醛乙醇等防腐保存; 植物DNA樣品的采集與保存:主要有根、莖、葉、花果等組織器官,采集時(shí)避免有病蟲(chóng)害、損傷的組織器官,將材料清洗用無(wú)菌吸水紙吸干保存或冷凍保存; 細(xì)菌DNA樣品的制備:通過(guò)合適的培養(yǎng)基進(jìn)行細(xì)菌增殖,獲得菌液或菌落,離心收集菌體,冷凍保存; 病毒或噬菌體D
16、NA樣品的制備:由于病毒或噬菌體寄生于細(xì)胞內(nèi),必須從宿主細(xì)胞中分離,過(guò)程相當(dāng)復(fù)雜。 細(xì)胞裂解: CTAB(十六烷基三甲基溴化銨)裂解法、SDS裂解法(十二烷基磺酸鈉)、蛋白酶K裂解法、液氮凍融 DNA的分離和抽提: 酚-氯仿抽提法、鹽析法、氯化銫密度梯度離心法、固相萃取法 純化和濃縮: 在抽提DNA溶液中往往含有少量的RNA、蛋白質(zhì)及實(shí)驗(yàn)試劑殘留物,必須去除進(jìn)一步純化DNA: RNase處理:加入適量的RNase在常溫條件下放置幾分鐘就可以降解DNA溶液中的RNA。 瓊脂糖凝膠電泳洗脫法:用于少量的DNA純化。 氯化銫-溴化乙錠連續(xù)梯度離心法:大量的DNA純化。 離子交換層
17、析法:由于DNA磷酸基團(tuán)與固相陰性交換離子相互作用,DNA能結(jié)合在層析柱固體介質(zhì)(羥基磷灰石、層析樹(shù)脂)上,然后再用一定濃度梯度鹽溶液洗脫。 基因組 DNA 的沉淀:用 0.1 倍體積的 3 M NaAc(乙酸鈉) 或 2.5 倍體積的 100% 乙醇沉淀 DNA, 用 70% 乙醇除去 DNA 沉淀中的鹽離子。 基因組 DNA 的溶解與保存:將基因組 DNA 溶解在 TE 緩沖液中,置 4°C 保存。 制備基因組 DNA 時(shí)應(yīng)注意: 防止內(nèi)源性 DNase 保證得到高分子量的基因組 DNA 保證基因組 DNA 不被蛋白質(zhì)和實(shí)驗(yàn)殘留物所污染 闡述PCR引物設(shè)計(jì)原則有哪些?
18、 引物長(zhǎng)度適中,一般為18~30個(gè)核苷酸:引物過(guò)短會(huì)使PCR的特異性降低,過(guò)長(zhǎng)會(huì)提高相應(yīng)的退火溫度,并使延伸溫度超過(guò)TaqDNA聚合酶的最適溫度72℃,亦會(huì)影響產(chǎn)物的生成,且合成引物的成本增加。 引物中的堿基盡可能隨機(jī)分布:避免出現(xiàn)嘌呤,嘧啶的堆積現(xiàn)象。尤其是引物的3′端不應(yīng)有連續(xù)3個(gè)G和C。否則會(huì)使引物在模板的G+C富集序列區(qū)錯(cuò)誤配對(duì)。 引物中G+C的含量在45~55%左右。設(shè)計(jì)引物時(shí)要考慮3′端和5′端引物具有相似的Tm值。Tm=4(G+C)+2(A+T)。引物長(zhǎng)度要確保解鏈溫度不低于54℃。 引物自身內(nèi)部不應(yīng)存在互補(bǔ)序列以避免折疊成發(fā)夾結(jié)構(gòu):按經(jīng)驗(yàn),引物自身存在的連續(xù)互補(bǔ)序列,
19、一般不超過(guò)3bp。 兩個(gè)引物之間不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,尤其應(yīng)避免3′端的互補(bǔ)形成二聚體。 引物的堿基序列不應(yīng)與非擴(kuò)增區(qū)域有同源性,尤其是引物3′末端連續(xù)8個(gè)堿基在待擴(kuò)增區(qū)以外不能有完全互補(bǔ)序列,否則易導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增。 引物3′端堿基是引發(fā)延伸的起點(diǎn),因此一定要與模板DNA配對(duì)。引物3′端的最佳堿基選擇是G和C。因?yàn)樗鼈冃纬傻膲A基配對(duì)比較穩(wěn)定。 引物的5′端可以修飾,如附加限制酶位點(diǎn),引入突變位點(diǎn),用生物素,熒光物質(zhì),地高辛標(biāo)記,加入其它短序列包括起始密碼子,終止密碼子等。 簡(jiǎn)述熒光定量PCR化學(xué)原理 ?※ 實(shí)時(shí)熒光定量PCR是一種在DNA擴(kuò)增反應(yīng)中,以熒光化學(xué)物質(zhì)測(cè)每次聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)
20、(PCR)循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法。在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),利用熒光信號(hào)積累實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程,最后通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析的方法。 檢測(cè)方法: SYBRGreenⅠ法: 在PCR反應(yīng)體系中,加入過(guò)量SYBR熒光染料,SYBR熒光染料非特異性地?fù)饺隓NA雙鏈后,發(fā)射熒光信號(hào),而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會(huì)發(fā)射任何熒光信號(hào),從而保證熒光信號(hào)的增加與PCR產(chǎn)物的增加完全同步。SYBR僅與雙鏈DNA進(jìn)行結(jié)合,因此可以通過(guò)溶解曲線,確定PCR反應(yīng)是否特異。 TaqMan探針?lè)ǎ? PCR擴(kuò)增時(shí)在加入一對(duì)引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的熒光探針,該探針為一寡核苷酸,兩端分別標(biāo)記一
21、個(gè)報(bào)告熒光基團(tuán)和一個(gè)淬滅熒光基團(tuán)。探針完整時(shí),報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號(hào)被淬滅基團(tuán)吸收;PCR擴(kuò)增時(shí),Taq酶的5'-3'外切酶活性將探針酶切降解,使報(bào)告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)分離,從而熒光監(jiān)測(cè)系統(tǒng)可接收到熒光信號(hào),即每擴(kuò)增一條DNA鏈,就有一個(gè)熒光分子形成,實(shí)現(xiàn)了熒光信號(hào)的累積與PCR產(chǎn)物形成完全同步。而新型TaqMan-MGB探針使該技術(shù)既可進(jìn)行基因定量分析,又可分析基因突變(SNP)。 簡(jiǎn)述構(gòu)建質(zhì)粒克隆載體的基本策略? 必須含有在受體細(xì)胞內(nèi)有效的復(fù)制起始位點(diǎn)Ori,最好是松弛型質(zhì)粒復(fù)制起始位點(diǎn); 必須含有允許外源DNA片段克隆的位點(diǎn),這樣的位點(diǎn)(限制性內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn))盡可能多,但是最好
22、一種限制性內(nèi)切酶只有唯一的識(shí)別位點(diǎn); 必須含有供選擇克隆子的標(biāo)記基因,如抗藥性標(biāo)記Tetr、Ampr等,最好有兩種選擇標(biāo)記基因,并且在選擇標(biāo)記基因內(nèi)含有合適的克隆位點(diǎn),以便外源DNA片段插入克隆位點(diǎn)后,標(biāo)記基因失活,成為選擇克隆子的依據(jù)。 構(gòu)建的質(zhì)粒克隆載體DNA分子應(yīng)盡可能??; 由于特殊需要,在構(gòu)建的質(zhì)粒克隆載體時(shí)需要組裝各種“元件”。 例如在克隆位點(diǎn)的上游組裝強(qiáng)啟動(dòng)子,下游組裝相應(yīng)的終止子,成為強(qiáng)表達(dá)質(zhì)??寺≥d體。 在克隆載體的合適位置組入受體細(xì)胞染色體DNA的同源序列,成為基因整合平臺(tái)系統(tǒng)的供體質(zhì)??寺≥d體。 如何利用農(nóng)桿菌Ti質(zhì)粒構(gòu)建植物克隆載體? 刪除T-DNA上的
23、tms和tmr的基因(卸甲載體或Onc-Ti載體),恢復(fù)植物細(xì)胞再生能力; 刪除與T-DNA轉(zhuǎn)化無(wú)關(guān)的冠癭堿合成酶基因,進(jìn)一步減少重復(fù)的酶切位點(diǎn); 引入大腸桿菌復(fù)制子和選擇標(biāo)記,構(gòu)建成穿梭載體便于重組子在大腸桿菌中的克隆與擴(kuò)增; 引入植物啟動(dòng)子和Poly(A)信號(hào)序列,便于外源基因在植物細(xì)胞中高效表達(dá); 加入多克隆位點(diǎn)連桿(MCS)。 簡(jiǎn)述構(gòu)建基因組文庫(kù)的基本步驟和流程? 載體的選擇和制備; 高純度、大分子量基因組 DNA 的提??; 基因組 DNA 的部分酶切與分級(jí)分離; 載體與DNA片段的連接; 轉(zhuǎn)化或侵染宿主細(xì)胞; 篩選與保存。 簡(jiǎn)單歸納從基因文庫(kù)中克隆目的基因有哪
24、些方法?※ 通過(guò)對(duì)基因文庫(kù)的篩選將目的基因分離出來(lái),一般有兩種方法: 核酸雜交法,原理是分子雜交:首先把屬于一個(gè)文庫(kù)的細(xì)菌或噬菌體以較低密度接種在培養(yǎng)皿上以取得相當(dāng)分散的菌落或噬菌斑,然后用硝酸纖維濾膜吸印,使培養(yǎng)皿和濾膜的相對(duì)應(yīng)的位置上具有相同的克隆。同時(shí)另行制備供分子雜交用的探針。為了篩選真核生物的某種基因,常從它的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物mRNA經(jīng)反向轉(zhuǎn)錄(見(jiàn)中心法則)合成相應(yīng)的互補(bǔ)DNA(cDNA),再加入用32P標(biāo)記的核苷三磷酸,用DNA多聚酶切口移位方法制成有同位素標(biāo)記的探針。把探針DNA和硝酸纖維濾膜上的菌落或噬菌體分別進(jìn)行變性處理,然后進(jìn)行分子雜交。再將X光底片覆蓋在經(jīng)過(guò)處理的濾膜上以進(jìn)行
25、放射自顯影。在培養(yǎng)皿上找出和X光底片上的黑點(diǎn)相對(duì)應(yīng)的菌落或噬菌斑。這些菌落或噬菌體中便包含著所需要的基因,經(jīng)過(guò)擴(kuò)增便能得到大量的細(xì)菌或噬菌體,從中可以分離出所需基因的DNA片段。 PCR篩選法,通過(guò)PCR方法將目的基因分離出來(lái)(使用的引物是目的基因特異引物):對(duì)于以混合形式保存的文庫(kù),先將文庫(kù)分成幾份,每份為一個(gè)“反應(yīng)池”進(jìn)行PCR反應(yīng),待選出陽(yáng)性池后,將陽(yáng)性池的混合克隆稀釋,然后等量分置?96孔板中,進(jìn)行橫向池及縱向池的PCR反應(yīng),然后將陽(yáng)性菌落群進(jìn)行稀釋,重復(fù)上述工作,直到篩出陽(yáng)性單克隆。 簡(jiǎn)述(或圖解)抑制消減雜交(SHH)技術(shù)的基本原理? 是以抑制性PCR反應(yīng)為基礎(chǔ)的cDNA 消
26、減雜交技術(shù)。 通過(guò)合成兩個(gè)不同的接頭,連接于測(cè)試cDNA 片段的5’末端,達(dá)到選擇性擴(kuò)增差異性表達(dá)的cDNA 片段,抑制非目的cDNA的擴(kuò)增。 利用抑制性PCR能選擇性擴(kuò)增不同豐度差異基因和cDNA 消減雜交特點(diǎn),運(yùn)用雜交二級(jí)動(dòng)力學(xué)原理(即高豐度序列退火時(shí)產(chǎn)生同源雜交的速度大于低豐度序列),使原本不同豐度的DNA序列相對(duì)含量趨于一致。然后利用抑制性PCR特點(diǎn),兩端接上同一接頭的非目的基因片段由于具有反向重復(fù)序列,在退火時(shí)容易形成發(fā)夾互補(bǔ)結(jié)構(gòu),在PCR中不能作為模板與引物配對(duì)擴(kuò)增,從而選擇性擴(kuò)增目的基因而抑制非目的基因片段擴(kuò)增。消減雜交扣除了實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組之間同源序列,再結(jié)合抑制性PCR的動(dòng)力
27、學(xué)富集,實(shí)現(xiàn)高效分離低豐度特異性非同源片段。 簡(jiǎn)述(或圖解)菌落(或噬菌體)原位雜交的基本步驟? ※ 原位雜交就是將細(xì)菌菌落影印到濾膜上,或?qū)⒕N點(diǎn)種在濾膜上然后再生長(zhǎng)出可見(jiàn)的菌落,對(duì)濾膜上的菌體進(jìn)行原位裂解使 DNA 釋放出來(lái),并使之固定在濾膜上。然后通過(guò)分子雜交,判斷哪個(gè)或哪些菌落含有與探針同源的DNA 。 簡(jiǎn)述受體細(xì)胞的選擇應(yīng)符合哪些基本原則? 便于重組DNA分子的導(dǎo)入,例如細(xì)菌,容易誘導(dǎo)形成感受態(tài)的細(xì)菌細(xì)胞。 能使重組DNA分子穩(wěn)定存在于細(xì)胞中,通常的做法通過(guò)修飾改造,選擇某些限制性核酸內(nèi)切酶缺陷型細(xì)胞,即限制與修飾體系缺陷型細(xì)胞。 便于重組體的篩選,選擇與載體所含的選擇標(biāo)
28、記互補(bǔ)匹配的受體細(xì)胞,例如重組子含有TetR基因,而受體細(xì)胞沒(méi)有TetR基因。 遺傳穩(wěn)定性高,容易擴(kuò)大培養(yǎng)或發(fā)酵生長(zhǎng)。 安全性高,無(wú)致病性,不會(huì)對(duì)外界環(huán)境造成污染。 選用內(nèi)源蛋白水解酶基因缺失的或含量低的細(xì)胞,利于外源基因表達(dá)產(chǎn)物在細(xì)胞內(nèi)的積累。 受體細(xì)胞不能干擾重組子遺傳密碼的正確閱讀與翻譯。 具有較好的轉(zhuǎn)譯后的加工機(jī)制,便于真核目的基因的高效表達(dá)。 在理論研究和生產(chǎn)實(shí)踐上有較高的應(yīng)用價(jià)值。 簡(jiǎn)述真核生物前體mRNA轉(zhuǎn)錄加工過(guò)程的4種方式? 5‘末端“戴帽”: 轉(zhuǎn)錄開(kāi)始后,在先導(dǎo)片段的5‘末端加上7-甲基鳥(niǎo)苷酸,這個(gè)“戴帽”可以保護(hù)5‘末端不受堿性磷酸酶和核酸酶的消化,使mR
29、NA保持穩(wěn)定作用,此外,它還有利于mRNA與rRNA的結(jié)合。如果阻礙了mRNA戴帽,則mRNA的翻譯能力大大降低。線粒體和葉綠體中的mRNA轉(zhuǎn)錄物不發(fā)生戴帽。 3‘末端加尾:通過(guò)多聚腺苷合成酶(末端轉(zhuǎn)移酶)的催化作用,在mRNA 3‘末端加接上一串腺苷酸(100-200個(gè))尾巴即Poly(A)。Poly(A)是mRNA由細(xì)胞核進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)所必須的,同時(shí),大大提高了mRNA在細(xì)胞質(zhì)中的穩(wěn)定性。 切除內(nèi)含子:真核生物前體mRNA的內(nèi)含子5‘端和3‘端的剪接點(diǎn)各有一個(gè)共有序列,是剪接的識(shí)別位點(diǎn)(5′GT、3′AG)。只有剪接后的mRNA才能從細(xì)胞核進(jìn)入細(xì)胞質(zhì),否則不能穿過(guò)核孔。 甲基化:前體mR
30、NA上有的核苷酸出現(xiàn)甲基化修飾。這也是保持mRNA分子穩(wěn)定所需要的。 簡(jiǎn)述在大腸桿菌中高效表達(dá)目的基因的策略? 優(yōu)化表達(dá)載體的設(shè)計(jì):組合強(qiáng)啟動(dòng)子和強(qiáng)終止子,增加SD序列中與核糖體16SrRNA互補(bǔ)配對(duì)的堿基序列,調(diào)整SD序列與起始密碼ATG之間的距離及堿基種類。 提高稀有密碼子tRNA的表達(dá)作用:采用點(diǎn)突變等方法將外源基因中的稀有密碼子轉(zhuǎn)換成受體細(xì)胞高頻出現(xiàn)的同義密碼子。 提高外源基因mRNA的穩(wěn)定性:對(duì)于原核細(xì)胞,最好選擇一個(gè)RNase缺失的突變受體細(xì)胞或受體菌。對(duì)于真核細(xì)胞,要考慮增加mRNA的正確加工。此外,還可以通過(guò)改變mRNA的結(jié)構(gòu),使其不容易被核酸酶識(shí)別,從而達(dá)到不被降解的目的。 提高表達(dá)產(chǎn)物的穩(wěn)定性 優(yōu)化發(fā)酵過(guò)程:由于大腸桿菌在實(shí)驗(yàn)室發(fā)酵罐的新陳代謝過(guò)程與大規(guī)模工業(yè)化發(fā)酵罐的新陳代謝是有差別的,在進(jìn)行工業(yè)化生產(chǎn)時(shí),工程菌株大規(guī)模培養(yǎng)的優(yōu)化設(shè)計(jì)和控制對(duì)外源基因的高效表達(dá)至關(guān)重要。
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